Zinātniskās institūcijas ir zinātniskie institūti, augstskolas, komercsabiedrības, kā arī citas institūcijas, kuru statūtos, nolikumā vai satversmē ir paredzēta zinātniskā darbība, piedalīšanās zinātniskās kvalifikācijas iegūšanas un pilnveidošanas procesā un kuras ir reģistrētas zinātnisko institūciju reģistrā. 2020. gadā Latvijā reģistrētas 64 zinātniskās institūcijas, no kurām 22 ir valsts budžeta finansēta zinātniskās institūcijas.
Informācija par Latvijas zinātniskajām institūcijām, pētniekiem, pētniecības infrastruktūru, projektiem un pētījumu rezultātiem ir apkopota Latvijas Nacionālā zinātniskās darbības informācijas sistēmā (NZDIS). Vienlaikus NZDIS tiek veidota kā platforma projektu pieteikumu un ziņojumu iesniegšanai, izvērtēšanai un apstiprināšanai.
NZDIS apkopotie dati tiek izmantoti zinātnes politikas plānošanā, zinātnei piešķiramā finansējuma aprēķināšanai, sabiedrības informēšanai par publiskā finansējuma izlietojumu un zinātniskās darbības rezultātiem, tādējādi nodrošinot atvērtās zinātnes pieejas īstenošanu.
Valsts budžeta finansētās zinātniskās institūcijas (pēc piešķirtā finansējuma apmēra 2021.g.):
Latvijas Universitāte (kopā ar aģentūru “Latvijas Universitātes Literatūras, folkloras un mākslas institūts”)
Latvijas Organiskās sintēzes institūts
Latvijas Biozinātņu un tehnoloģiju universitāte
Daugavpils Universitāte (kopā ar aģentūru “Latvijas Hidroekoloģijas institūts”)
Latvijas Universitātes Cietvielu fizikas institūts
Latvijas Valsts Mežzinātnes institūts "Silava"
Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs
Latvijas Valsts koksnes ķīmijas institūts
Pārtikas drošības, dzīvnieku veselības un vides zinātniskais institūts "BIOR"
Latvijas Universitātes Matemātikas un informātikas institūts
Agroresursu un ekonomikas institūts
Elektronikas un datorzinātņu institūts
Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmija